Древнейший монастырь комплекса, лавра Давида, основан в начале VI всирийским монахом Давидом, одним из 13 сирийских отцов, поселившемся в естественной пещере Гареджа. В том же VI в. его ученики и последователи Додо и Лукиан основали ещё два монастыря — монастырь Додо (Додос Рка) и Натлис-Мцемели (Иоанна Крестителя).
В IX в Илларионом Картвели были сооружены Преображенская церковь и трапезная, впоследствии благоустроенные сыном Давида СтроителяДмитрием, автором знаменитого песнопения «Ты есть лоза виноградная», считающегося шедевром грузинской церковной музыки.
В XI в. монастырь испытал нашествие турок-сельджуков, в XIII в. был разграблен монголами, в конце XIV — начале XV вв. — разорен Тамерланом, в1615 г. — вновь разорен персидским шахом Аббасом I.
Комплекс представляет собой высеченные в скалах около 20 монастырей и охватывает территории трех районов Грузии — Гардабанского, Сагареджийского и Сигнахского. Главным монастырем считается лавра св. Давида, которая находится на северном склоне горы, разделяющей Грузию и Азербайджан. Граница проходит по вершине горы, которую грузинские историки называют Удабно, по названию одного из монастырей. Этот монастырь находится на азербайджанской территории — на южном склоне горы. Помимо них на южном склоне горы расположены более 100 пещер, которые использовались монахами в качестве келий. Больше всего отдален от границы монастырь Бертубани (датируемый XII веком), который находится на расстоянии примерно двух километров от неё.
Во многих церквах и трапезных монастырей сохранились фрески VIII—XIV вв. с портретами исторических лиц, в том числе портрет царицы Тамары.